Huyện Hà Trung có hệ thống sông ngòi, gồm sông Lèn ở phía Nam; 1 nhánh sông Hoạt chảy ra cửa âu - cống Báo Văn, một nhánh nằm ở phía Đông Bắc chảy ra cửa âu – cống Mỹ Quan Trang; sông Tam Điệp chảy ra cửa Thần Phù rồi chảy ra sông Càn (Nga Sơn). Trên địa bàn huyện có 89,57 km đê; 22 hồ đập, 54 trạm bơm, 423km kênh chính và nội đồng. Hệ thống đê điều trên địa bàn tuy đã được nâng cấp nhưng vẫn còn tiềm ẩn do đê đắp từ lâu đời và đất đắp đê có nhiều tạp chất, có những vị trí nền đê đi qua vùng đất kẹp cát, một số đoạn đê sát sông có nguy cơ sạt lở…

Hệ thống kênh mương được đầu tư nâng cấp phục vụ cho sản xuất và PCTT.

Theo đó, UBND huyện đã chỉ đạo các xã, thị trấnvà Chi nhánh Thủy lợi Hà Trung thực hiện điều tiết nước để đảm bảo phục vụ sản xuất và triển khai phương án đảm bảo an toàn công trình trong mùa mưa, lũ. Cùng với đó, Chi nhánh Thủy lợi đã phối hợp với các địa phương, đơn vị liên quan đánh giá hiện trạng công trình thủy lợi trước mùa mưa lũ; xây dựng phương án ứng phó thiên tai, đảm bảo an toàn đập, hồ chứa nước trên địa bàn huyện; kiểm tra, ngăn chặn và xử lý các vụ vi phạm pháp luật về thủy lợi. 

Từ đâu năm đến nay trong lĩnh vực thuỷ lợi, PCTT-TKCN, UBND huyện đã chỉ đạo các đơn vị, địa phương thực hiện tốt công tác điều tiết nước đảm bảo phục vụ cho gieo trồng vụ Chiêm Xuân. Chỉ đạo công tác thủy lợi mùa khô; tổng khối lượng thực hiện 164.126 m3, đạt 141,7% KH. Trong đó: Khối lượng nạo vét, tu bổ kênh chính, kênh cấp 1 là gần 60.000m3; đạt 216%; chiều dài nạo vét: 23km. Khối lượng nạo vét kênh nội đồng là hơn 104.000m3, đạt 125,2%; chiều dài kênh nạo vét: 112km. 

Ngoài ra còn huy động gần 6.000 ngày công thực hiện vớt bèo, dọn dẹp hệ thống kênh chính, kênh nội đồng. Trên tuyến sông Hoạt, cả 10 xã dọc theo tuyến sông đã tổ chức kiểm tra, lập kế hoạch và triển khai thực hiện công tác tổng dọn vệ sinh sông Hoạt, sông Tống, bắt đầu từ ngày 07/12/2024. Kết quả đến nay, trên toàn tuyến sông Hoạt đã triển khai phát quang mái đê, phát dọn cây cối bãi sông, vớt bèo tại các điểm cầu qua sông, điểm co thắt trên sông. Ước khối lượng đạt được đến nay khoảng 70% khối lượng công việc theo kế hoạch.

Hiện nay, huyện Hà Trung chỉ đạo các đơn vị thực hiện công tác thủy lợi nội đồng phục vụ sản xuất và PCTT-TKCN, nạo vét kênh mương, khơi thông dòng chảy; tu sửa, thi công các công trình thủy lợi phục vụ sản xuất và PCLB. Tổng kết công tác PCTT-TKCN năm 2024, xây dựng phương án, chuẩn bị vật tư dự trữ trong PCTT-TKCN năm 2025. Chỉ đạo xây dựng phương án đảm bảo thi công, cắt tuyến thi công, và tiêu thoát lũ đối với các dự án thủy lợi trong mùa mưa lũ năm 2025.